从“应税收入”中扣除而不是从“税额”中扣除。
如果（不考虑个人税的实际计算方法）：
的应税收入为990元，税率为10％。该人目前的应纳税额为99元。
现在，扣除500元：
（990-500）×10％= 49元
1.根据现行税收政策规定，纳税人将收入通过中国的社会组织和国家机关捐赠给中国的教育事业和其他社会公益事业，社会灾难和贫困地区。捐款金额不超过纳税人的捐款当期申报的30％的应纳税所得额可以从应纳税所得额中扣除。即：捐赠扣除额度=应纳税所得额×30％，如果实际捐赠额大于捐赠额度，则只能按照捐赠额度扣除；如果实际捐赠金额小于或等于捐赠限额，则扣除实际捐赠金额。
2.对于个人向国家认可的非营利性公益组织或州机构向红十字会，老年服务机构，青年场所和农村义务教育的捐赠，应纳税所得额是允许的全额扣除。换句话说，纳税人有不同的捐赠渠道，并且根据个人税收计算有不同的税收优惠政策。
《个人所得税法实施条例》规定：个人通过中国的社会组织和国家机构向教育等社会福利事业，重大自然灾害和贫困地区捐赠收入，捐赠额不超过纳税人的申报应纳税所得额的30％可以从应纳税所得额中扣除。
以下政策专门针对汶川地震：
1.个人通过预扣单位向灾区捐款。代扣代缴单位应当出示政府机构或者非营利组织颁发的简易捐赠证书，代扣代缴单位记录的个人捐赠时间表等。代扣代缴税款时，应依法扣除。
2.如果个人通过政府机构或非营利组织直接向受灾地区捐款，并通过预扣税款纳税，则捐赠者应出示由政府机构或非营利组织签发的捐赠证书及时组织到扣缴单位。单位代扣代缴税款时，依法扣除；个人自行申报纳税的，税务机关根据收到的政府机构或者非营利组织的捐赠款，依法予以抵扣。
3.扣缴单位向税务机关全面申报个人所得税时，还应提交政府机构或非营利组织及其单位发出的接受捐赠的收据（副本）每个纳税人的捐款总额和当期扣除的捐款金额。
第四，各级税务机关本着鼓励纳税人捐赠的精神，加强对捐赠扣除的管理，并通过各种媒体广泛宣传捐赠扣除的政策，方法和程序，以提供高质量的捐赠。为方便纳税服务。扣缴单位和纳税人的具体操作。