通常的做法是，根据合伙企业股份转让当年的累计利润计算应缴所得税，然后从转让人应获得的利润或企业份额中扣除。
根据《财政部国家税务总局关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008] 159号）文件：“合伙企业的生产经营收入和其他收入应“税前先分割”的原则。应纳税所得额的计算依据是《财税[2000] 91号）和《财政部，国家税务总局关于个人和合伙企业个人所得税征收的规定》。个体工商户和个体工商户的调整执行《关于所得税扣除标准有关问题的通知》（财税[2008] 65号）的有关规定。
前段所述的生产经营收入和其他收入包括合伙企业分配给所有合伙人的收入以及企业当年保留的收入（利润）。”