下列两种情况不应从员工教育资金中支付：
1.企业雇员参加社会学历教育的费用以及个人参加获得学位的在职教育的费用，应由个人承担，不得压缩用于对企业员工进行培训。
2.为进行企业高级管理人员的海外培训和检查，应从其他管理费用中支付一次性较高的一次性支出，以免排挤员工的日常教育培训费用。
《企业所得税法实施条例》第四十二条规定，除国务院财税部门另有规定外，对职工的教育经费扣除额不得超过职工工资总额的2.5％。准许企业薪金;超出部分将在下一个纳税年度结转扣除额。
员工教育资金的计算基础
员工教育支出的计算基础是工资总额和工资总额。根据《企业所得税法实施条例》第三十四条的规定，企业的工资总额必须为企业发生的合理工资支出。《国家税务总局关于企业减薪及工资和职工薪酬的通知》（国税函〔2009〕3号）进一步明确规定：“合理工资”是指公司对股东的遵守情况。股东大会，董事会，薪酬委员会或有关管理机构既定的工资和工资制度规定了实际支付给雇员的工资和工资总额。它不包括企业雇员福利费，雇员教育费，工会支出，养老保险费，医疗保险费，失业保险费，工伤保险费，生育保险费以及其他社会保险费和住房公积金。
扣除软件生产企业的员工培训费
根据《国家税务总局关于企业所得税实施中某些税收处理问题的通知》（国税函〔2009〕202号），发生在职工教育经费中的职工培训费用。按软件生产企业《财政部和国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008] 1号）规定，应在扣除企业所得税之前全额抵扣。