是的，公司扣除支付工资时应支付的税款，并与税务机关一起申报税款。这称为预扣和付款。企业是员工个人所得税的扣缴义务人。
文档基于以下内容：
中华民国个人所得税法
中华民国总统令第44号
第8条对于个人所得税，应将收入作为纳税人，将支付收入的单位或个人作为扣缴义务人。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》
中华人民共和国国务院令第519号
第三十五条代扣代缴人代扣代缴税款时，应当按照税法的规定代扣代缴税款，按时缴纳保证金，并作专门记录备查。
前款所指的支付方式包括现金支付，汇款支付，转移支付以及以证券，实物和其他形式的支付。
根据《代扣代缴个人所得税暂行办法》第四条的规定：代扣代缴人向个人缴纳下列收入，代扣代缴个人所得税：
（1）工资收入；
（2）企事业单位的承包经营和租赁经营所得；
（3）劳务报酬；
（4）手稿报酬；
（5）特许权使用费收入；
（6）利息，股息和红利收入；
（7）物业租赁收入；
（8）财产转让收入；
（9）意外收入；
（10）国务院财政部门确定的其他收入。
第5条扣缴义务人向个人支付应纳税所得额（包括现金，实物和有价证券）时，无论纳税人是否是该单位的成员，他们都应扣留并缴纳应缴纳的个人所得税税收。
前款所述的付款包括现金付款，汇款付款，转移付款以及以证券，实物和其他形式的付款。
计算方法
《个人所得税法》规定，从月收入中扣除2000元后的工资和薪金所得余额为应纳税所得额。工资和薪金收入须按5％-45％的九级超额累进税率纳税。计算应纳税额的公式为：
应税金额=应税收入×适用税率-快速计算扣除
范例1：某企业的员工王丽，在2008年3月获得薪水和工资5500元，该员工本人也要缴纳个人所得税。王丽的应纳个人所得税的计算过程如下（假设本文计算个人所得税的应纳税所得额时，仅扣除2000元的收费标准，下同）：
根据适用税率和与含税税率相对应的快速计算扣除额，找到：
王莉应缴税=（5500-2000）×15％-125 = 525-125 = 400（元）
2.帐户处理
为了正确记录和反映个人所得税的预扣和支付，在代扣个人所得税时，支付工资和薪金的单位应通过“应付税款-应付个人所得税”的主题进行核算。。在缴纳工资和工资性收入时代扣代缴个人所得税，扣减“应付职工薪酬”科目；贷记“现金”，“银行存款”，“应付税款-应付个人所得税”等相关科目。在实际缴纳个人所得税时，记入“应付税款-应付个人所得税”科目；贷记“银行存款”主题。根据示例1的计算结果，企业应进行以下帐户处理：
（1）月底应计薪水（含税）
借：生产成本等5500
贷款：应付给员工5500
（2）支付工资和预扣个人所得税时
借：支付给员工的薪水为5500
贷款：现金或银行存款5100
应付税款-应付个人所得税400
（3）缴纳个人所得税时
借：应交税费-应交个人所得税400
贷款：银行存款400