企业代扣代缴的职工个人所得税，应计入管理费用会计科目。
管理费用包括：
1.公司资金
总部管理人员的薪金，员工福利，差旅费用，办公室费用，董事会会员费，折旧费，维修费用，材料消耗，低值易耗品摊销和其他公司资金；
2.劳动保险费
是指退休金，价格补贴，已退休员工的医疗费用（包括退休人员参加的医疗保险基金），搬迁费用，员工退休福利，员工死亡和丧葬补贴，退休金以及根据需要支付给退休人员的费用各种干部经费和社会统筹基金的实施；失业保险费是指企业按照国家规定缴纳的失业保险金；
3.董事会会员费
是指企业最高权力机构及其成员为执行职能而产生的各种费用，包括差旅费和会议费。
4.其他费用
如果企业产生与生产和经营直接相关的招待费，则纳税人可以提供真实有效的证据或信息，并允许在以下限制内支出费用。
因此，企业为雇员代扣代缴的个人所得税部分应计入管理费用会计科目。
扩展配置文件：
计算企业为雇员代扣代缴的个人所得税的方法如下：
企业代扣代缴的部分个人所得税=主营业务收入-主营业务成本-期间支出-主营业务税金及附加=主营业务收入-主营业务成本-销售费用-财务费用-行政费用-主营业务税金及附加
产品的税前利润=产品销售收入-产品销售成本-售后销售税以及附加费-共享后费用
产品销售收入=国内销售收入+出口销售收入
产品销售成本是指与产品销售收入相对应的销售成本。
分摊后的营业税金和附加费=公司主营业务税和附加费×分摊比（基于销售额的评估）
分配后的期间费用=企业的期间总费用×分配比率（根据销售额分配）
分配比率（％）=此类产品的销售量/企业生产的所有产品（包括此类产品）的销售量×100％。
搜狗百科-会计科目
个人所得税应计入“应付税款-应付个人所得税”科目。
个人所得税由企业代扣代缴。在计算工资时，应同时计税，借方“应付职工薪酬”，贷方“应付税款-应付个人所得税”和“应付现金”（或银行存款等）”。它不能直接计入管理费用和/或信用存款中。
在某些国家/地区，个人所得税是主要税种，在财政收入中占很大比例，对经济影响很大。
个人所得税减免政策：
根据《中华人民共和国个人所得税法》，《中华人民共和国个人所得税法实施条例》及相关文件和规定，个人的主要减免税政策所得税是：
（1）省人民政府，国务院各部委和中国人民解放军之上的单位以及外国组织和国际组织，获得科学，教育，技术，文化，卫生，体育等奖项，环保征收个人所得税。
（2）设立乡（含乡）以上人民政府或者县（含县）以上人民政府主管部门批准的事业单位和章程或类似组织，并奖励愿意这样做的人主管税务机关批准的奖金或奖品免征个人所得税。
（3）持有财政部发行的债券和经国务院批准发行的金融债券具有利息的个人免征个人所得税。
（4）国务院《关于对储蓄存款利息征收个人所得税的实施办法》第5条规定：利息收入免征个人所得税。 ”
蔡水子（1999）第267号进一步规定，应当获得按照国家或省地方政府规定比例缴纳的住房公积金，医疗保险基金，基本养老保险基金，失业保险基金。通过将其存入银行的个人帐户利息收入免征个人所得税。
Guo Shui Fa（1999）第180号文件还进一步规定，在中国工商银行开设教育存款专用帐户并享受优惠利率存款，对所得利息免征个人所得税。
（5）根据国务院的规定发放的政府特殊津贴（指国家向那些为各项社会事业的发展做出突出贡献的人发出的具体法律通知，一般指国务院批准的其他项目补贴和津贴以及免税补贴和津贴（目前仅限于中国科学院，工程院学术津贴和高级院士津贴）免征个人所得税。
（6）福利费，即由于某些特定事件或原因导致雇员或其家庭的正常生活出现某些困难，企业，事业单位，国家机关和社会团体将从以下方面获得收益：按照国家有关规定通过费用或工会资金支付给雇员的临时生活困难补贴免征个人所得税。
参考：搜狗百科全书-个人所得税