自然人合伙人无需按工资收入缴纳个人所得税，而仅需根据个体工商户的生产经营收入按月或按季度缴纳个人所得税
财政部，国家税务总局关于印发《关于个体工商户和合伙投资者征收个人所得税的规定》的通知（财税[2000] 91号），附件一《所得税条例》第五条规定，个体工商户的投资者应当将全部生产经营收入作为应纳税所得额；合伙人投资者应当根据合伙企业的生产经营总收入和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。如果合伙协议中没有约定分配比例的，则根据生产经营总收入和合伙人数计算出每个投资者的应纳税所得额。
前款所述的生产经营收入包括企业当年分配给投资者的收入和企业保留的收入（利润）。
第16条规定，企业进行清算时，投资者应在取消工商注册之前，与主管税务机关解决相关税务事宜。企业的清算收入视为年生产经营收入，投资者应当依法缴纳个人所得税。
前款所称清算收入，是指企业清算时全部资产或资产在减去以前年度的各种清算费用，损失，负债和保留利润后的公允价值的一部分。 ，超过实收资本。
根据上述规定，企业的清算收入应视为年生产经营收入，投资者应当依法缴纳个人所得税。合伙企业的投资者应根据合伙企业的生产经营总收入和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额。如果合伙协议未规定分配比例，则每个投资者的应纳税所得额。其中，清算收入是指企业清算时全部资产或资产在减去以前年度的各种清算费用，损失，负债和保留利润后，超过实收资本的公允价值的一部分。 。
如果由投资者建立的企业具有合伙性质，则投资者应向惯常居住地的税务机关申报税收，并进行结算。但是，如果惯常居住地与所建立公司的业务管理地点不一致，则投资者参与公司设立的合伙企业的经营管理所在地，应当指定为年度结算和结算地点，五年内不得变更。如果需要在5年后进行更改，则必须经过原始主管税务机关的批准。
上述预扣申报方法中的应税收入不包括个体工商户（类似于合伙企业）的生产和经营收入，以及企事业单位的承包经营和租赁经营所得。对于获得上述收入的单位和个人，没有合法的扣缴义务人。
因此，合伙企业中的自然人合伙人是个人所得税纳税人，而合伙企业不是预扣代理人。财税[2000]第20条规定，合伙企业申报和缴纳投资者的个人所得税是为了方便税收的征收和管理，但不能视为预扣和缴纳。本条款要求投资者向主管税务机关报告纳税申报。因此，合伙企业仅代表其申报并付款。