最近，乌石市地方税务稽查局正在检查纳税人股权转让的个人所得税。一些纳税人在其财务账簿上报告，自然人股东根据初始投资和股份来转让其股份，从表面上看，这似乎是平局转让。但是，在转移过程中，与初始投资相比，纳税人的所有者权益已增加了很多。原股东必须缴纳个人所得税，但是如何确定计税依据呢？例如：股份公司成立之初，有两个自然人股东，总股本为300万元。经过三年的经营，总所有者权益为560万元。现在，自然人股东A拥有其90％的股权万元，向C进行平价转让（公司账面反映），股东大会还通过了股权转让计划，两人签订了股权转让合同，并完成了股权转让手续（其知识产权，土地使用权）权，房屋，勘探权），采矿权，权益等仅占总资产的50％以下，并且没有合理的理由进行低价转让）。现在如何计算A转让股权应缴纳的个人所得税？国税函〔2009〕285号第4条规定：如果股权转让的计税基础明显偏低（如平价，低价转让等）且没有正当理由的，主管税务机关可以参照净资产每股或个人股东批准享有净资产份额对应的持股比例。如何理解本文以及如何计算？现在有两种理解，出现了两种算法：第一种算法：计算个人应纳税额的基础=（560-270）* 90％= 261万元应纳个人所得税= 261 * 20％= 522,000元。第二种算法：应交个人所得税基数= 560 * 90％-270 = 234万元。应纳个人所得税= 234 * 20％= 46.08万元。作者了解，根据该文件的规定，应根据第二种算法计算应缴个人所得税。（）
1.自然人转让被投资企业的股权（股份）所得的收入（以下简称股权转让），按照公平交易价格计算，确定计税依据。
如果计税基础明显偏低且没有正当理由，则主管税务机关可以使用本公告中列出的方法进行验证。
其次，税基很低，判断方法没有正当理由
（1）如果满足以下情况之一，并且没有正当理由，则可以认为纳税计算的依据很低：
1.宣布的股权转让价格低于初始投资成本或低于获得股权和相关税款的价格；
2.宣布的股权转让价格低于相应的净资产份额；
3.在相同或相似条件下，宣布的股权转让价格低于同一企业的同一股东或其他股东的股权转让价格；
4.在相同或相似条件下，宣布的股权转让价格低于同类行业企业的股权转让价格；
5.主管税务机关确定的其他情况。
（2）本文第一段提到的理由涉及以下情况：
1.被投资企业连续三年以上（包括三年）遭受亏损；
2.由于国家政策调整而导致的低价股权转让；
3.将股权转让给对转让人负有直接抚养或抚养义务的配偶，父母，子女，祖父母，祖父母，孙子女，孙子，兄弟姐妹以及受抚养人或受抚养人；
4.主管税务机关确定的其他合理情况。
3.如果声明的征税基础明显较低且没有正当理由，则可以采用以下验证方法：
（1）指每股净资产或与纳税人所享有的权益比例相对应的净资产份额，以确定来自股权转让的收入。
对于拥有总资产（例如知识产权，土地使用权，房屋，探矿权，采矿权，股权等）总资产超过50％的公司，必须对净资产进行评估和验证由中介机构提供。
（2）参考相同或相似条件下同一企业的同一股东或同一企业的其他股东的股权转让价格，以核实股权转让收益。
（3）参考相同或相似条件下相似行业企业的股权转让价格确定股权转让收益。
（4）如果纳税人不同意主管税务机关采用的上述核查方法，则应提供相关证据。主管税务机关确定属实后，可以采用其他合理的核实方法。
第四，如果纳税人再次转让已转让的股权，则股权转让的成本为前次转让的交易价格和买方承担的相关税费。
各级税务机关应通过建立电子分类帐，跟踪股权转让的交易价格和税收情况，切实加强对股权转让征收的个人所得税的动态税源管理。股权交易链中每个环节的收入和成本真实性。