营改制后，运输业是增值税纳税人，税率为11％。只要您的单位获得合法的增值税发票，就可以扣除。
将营业税更改为增值税后，交通运输业适用的税率为11％，因此，如果获得可以抵扣的增值税专用发票，则可抵扣的税率也为11％。
2015年5月，将启动营地改革的最后三个行业，即建安房地产，金融，保险和生活服务业，并推出营地改革计划。其中，建安房地产增值税率暂定为11％，金融，保险和人寿服务增值税率定为6％。这意味着，进入2015年下半年之后，中国可能会完全告别营业税。
铁路货运的铁路发票可以以低进项税抵扣税率扣除，铁路建设资金可以扣除，其他不能扣除。
根据《国家税务总局关于扣除铁路货物进项税额的补充通知》 [国税函[2005] 332号]：一般纳税人购销增值税货物（不包括固定资产）可以扣除运输费用（包括未指定的新铁路运输线和特殊铁路运输费用）。允许扣除的范围仅限于铁路运输企业发放的各种经营费用和铁路建设资金，其他杂项费用，如装卸费和随运费支付的保险费等，不得扣除。
根据《国家税务总局关于减少铁路货物进项税额有关问题的通知》（国税发〔2000〕14号），增值税一般纳税人支付购销货物的铁路运输费用。 （不包括固定资产），允许扣除的范围仅限于铁路运输部门开具的发票上注明的以下项目：运输运营费用（即货运和运营货运）；铁路建设基金；临时铁路货运和新线货运（包括：大秦煤炭货运），京秦煤炭运费，靖远煤炭运费，枫沙煤炭运费，京九改道加价，太古蓝加价，京九运费，大沙运费，侯岳运费，南昆运费，宣杭运费，益民运费，通货运费率货运，大汉货运，北仑货运）。
同时，根据《国家税务总局关于铁路货物进项税额扣除有关问题的补充通知》（国税函〔2003〕970号）：国税发〔2000〕14号文件规定的扣除项目，由铁路运输部门下达新的北疆线，西康线，上本线，内六线，福迁线，出租车线，广深线和南疆线货运抵扣，可抵扣7减价率进项税。
中铁包裹快递（简称中铁快递）为客户提供运输服务，属于铁路运输企业。因此，对于一般增值税纳税人买卖货物所得的“中国铁路小件快递单”中所列的快递货运合同费，超重费，收货费和中转货运，可采用扣减率7计算信用进项税额扣除。