如果公司向员工发放交通补贴作为员工福利，则意味着公司为员工提供了一种福利，给予员工交通补贴以弥补员工上下班或在某个地区所需的交通费用。在这种情况下，应将交通补贴包括在总工资中，并计算以支付个人所得税。
国家税务总局关于2009年税收自查有关政策问题的函件，冀办函〔2009〕33号文件规定：2．个人所得税（一）企业提供运输的个人所得税对员工的补贴。根据《国家税务总局关于个人所得税政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号）第二条，企业通过以下方式向员工发放运输补贴，以减免一定的公务关税：偿还私家车的燃油费用。扣除费用后，根据“工资和薪金”所得项目征收个人所得税。公务费用扣除标准由地方政府制定。如果地方政府未制定公务费用扣除标准，则将全部交通补贴的30％用作个人收入，以代扣个人所得税。也就是说，汽车补偿可以扣除70％。（二）企业向职工发放的通讯补贴个人所得税。根据《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号）第二条，企业在扣除一定标准后，向职工发放通讯补贴。官方开支，须扣除“薪金和工资”所得项目应缴纳个人所得税。公务费用扣除标准由地方政府规定。如果当地政府未制定公务费用扣除标准，则将全部通讯补贴的20％用作个人收入，以代扣个人所得税。