简而言之，根据当前的会计标准：
应付所得税与所得税费用不一致。
所得税费用只是当期的可扣减费用。
由于会计准则和税法的不兼容，一些所得税是预先支付的，有些所得税是全年支付的。
根据您的声明，恕我直言，您需要澄清小规模纳税人支付增值税的方法和征收企业所得税的方法。我来介绍一下：
1.根据现行的《增值税暂行条例》，销售商品或应税劳务的小规模纳税人应采用简单的方法，根据销售和收税率计算应纳税额，不得扣除进项税。应纳税额的计算公式：
应纳税额=销售金额×征收率
小规模纳税人的增值税征收率为3％。
还有免税销售和含税销售的概念，转换公式为：应税销售（不含税销售）=发票金额（含税销售）/（1+3％）
因此，您应该根据应税销售总额来计算和支付增值税，但是允许从所有应交税款中扣除作为预付税款的发票上所支付的增值税。
2.关于公司所得税
企业所得税通常按月（按季度）预先支付，并于年底结算。
企业所得税税率为25％。经主管税务机关批准，合格的小规模营利企业可以减按20％的税率计算和缴纳。
征收公司所得税有两种方式，一种是审计征收，另一种是经批准的征收
1.根据“实际利润额”和适用的税率计算并支付审计收款，实际利润额=总利润-上一年度应弥补的亏损-不征税免税收入。其中：利润总额=营业收入-营业成本-营业税金及附加-行政支出-销售支出-财务支出+其他营业利润+营业外收支+投资收益。
因此，实际利润不是您提到的概念（1000-100），因为100元人民币并不代表贵公司的实际运营成本，费用和税金（不包括增值税和企业所得税）。
2.批准的收款是根据销售（业务）收入*批准的税率*适用税率计算和支付的。其中：销售（业务）收入包括：应税销售，其他业务收入和视同销售，核定的税率由主管税务机关事先根据不同行业确定，一般范围在5％至30％之间。您的公司应根据主管税务机关确定的所得税率计算，适用税率为25％，而批准的收税率不适用于20％的税率。
同样，允许从所有应缴纳的企业所得税中扣除在发票中作为预付税款支付的企业所得税。