首先是加强对农民专业合作社的教育和指导，使他们了解免税与税收申报的关系，了解有意识的税收申报的意义，了解免税不是非税收申报；和方式；三是实行税收征管负责人制度。了解合作社的情况和困难，成为合作社的密友。四是加强对长期不举报合作社的监管，实行合作社“黄红”品牌制度。黄卡进入红卡已有3年。第五，加大对有意识的纳税合作社的宣传。
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财政部和国家税务总局联合发布了《关于农民专业合作社税收政策的通知》（以下简称《通知》），明确规定可以减轻或免征四项税收负担。农民专业合作社，将于2008年7月1日实施。。有关内部人士认为，此次出台的税收政策将有助于降低专业农民合作社的外部成本，有利于专业农民合作社的长期可持续发展。
该通知指定了以下四项减免税政策：1.农民合作社成员向农民合作社出售农产品被农业生产者出售自己的农产品视为免征增值税产品。2.增值税纳税人购买专业农民合作社的免税农产品，可以抵扣进项税额13％。（三）农民专业合作社向合作社成员出售的农膜，种子，苗木，化肥，农药和农机具，免征增值税。（四）农民专业合作社及其成员签订的农产品，农业生产资料买卖合同，免征印花税。
作为农民自愿组织的共同经济组织，围绕着相同类型农产品的生产，加工和销售而成立，中国的专业农民合作社是农村改革和市场经济的产物。根据国际惯例，作为弱势群体的财团，专业的农民合作社是独立的市场实体，可以代表会员与外部团体签订合同来开展商业活动。同时，农民合作社也享受政府的税收优惠和财政金融支持。
《中华人民共和国农民专业合作社法》于2007年7月1日生效，规定各级政府应制定财政，税收和财政支持政策，促进农民发展。专业合作社。中央今年的“一号文件”指出，今年要大力发展农民专业合作社，要求有关部门采取有利于农民专业合作社发展的税收和金融政策。
《通知》指出，享受税收优惠的农民专业合作社，是指根据《中华人民共和国农民专业合作社法》的规定设立和注册的农民专业合作社。
（2）加强注册后的跟踪管理，确保生产经营的真实性。在“三证合一”之后，税务部门没有对注册过程进行验收审查。因此，注册后，有必要核实其生产经营地址和实际经营状况，特别是在提交税收优惠政策后进行后续核查，以防止税收欺诈。发生了优先事件；同时，对于长时间未申报的，必须及时核实为异常户，及时注销，加强减免税管理，重点加强对减免税资格认定的审查。公司内部成员的数量，以及自产农产品的销售和公司的购买农民专业销售合作社提供虚假的登记材料或者采用其他欺诈手段取得登记资格的，划分农产品销售范围，不能进行准确的会计核算，应纳税所得额和免税所得不分别核算或者占没有税收优惠。
（3）加强发票的管理和审查。根据纳税人的生产经营规模，产品种类，年产量，管理水平等实际情况，合理确定纳税人的发票购票类型，购票版本，购票数量；加强对纳税人发票开具的检查和管理严格执行旧检查新购系统和票务比对制度，监督纳税人按照规定开具发票。作为专业农民合作社发行的普通免税农业发票，获得发票的一般增值税纳税人可以扣除11％的增值税进项税额。因此，有必要加强对发票开具的审查，以防止非法使用免税优惠政策。开具发票或虚假发票会进一步造成税收损失。加强万元以上发票的管理，可以通过买卖合同，货物运输，银行资本交易的审查，确保发票的真实性和合法性。
（4）加强税收征管质量，实行分类管理。为查明税收来源，与农业有关的企业发展迅速，其注册类型，规模，行业，社会信用水平和税收激励水平有所不同。及时了解税收来源的结构，掌握涉税企业的动态信息，行业经营规则和产业链交易的特点，对一般企业和大型企业实行分开的管理模式，并进行列出该行业的季度税收来源分析。加强与工商，财政，乡镇有关部门的沟通，全面掌握纳税人的真实信息，统一政策口径，全面评估农机具的种植（栽培）面积（数量），品种规格和生产能力。相关企业并验证其年产能力严格执行税收政策。
（E）加强和规范财务会计。采用培训和其他方法鼓励合作社建立和改善其会计。大型合作社必须要求专业会计，按照会计制度的要求进行会计核算，加强政策促进和税收指导，享受国家税收优惠政策，并依法使用发票。提高农民专业合作社的税收合规性。
（6）加强部门合作，共同努力。各部门要加强协调，农林水利部门要加强产业指导，乡镇部门要加强地域管理，发展改革部门要加强项目审查和指导，财政部门要及时分配项目资金，国税部门完善税收服务，实行农业税收优惠政策。同时，加强部门信息共享，减轻农民专业合作社的负担，共同促进农民专业合作社的健康发展。