是的，公司扣除支付工资时应支付的税款，并与税务机关一起申报税款。这称为预扣和付款。企业是员工个人所得税的扣缴义务人。
文档基于以下内容：
中华民国个人所得税法
中华民国总统令第44号
第8条对于个人所得税，应将收入作为纳税人，将支付收入的单位或个人作为扣缴义务人。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》
中华人民共和国国务院令第519号
第三十五条代扣代缴人代扣代缴税款时，应当按照税法的规定代扣代缴税款，按时缴纳保证金，并作专门记录备查。
前款所指的支付方式包括现金支付，汇款支付，转移支付以及以证券，实物和其他形式的支付。