企事业单位代扣代缴个人所得税有两种情况：一是职工本人承担个人所得税，企事业单位仅承担代扣代缴义务。第二，企事业单位既要承担税收又要扣除支付义务。但是，无论哪种类型，个人所得税的会计处理方法都是相同的，即向员工支付工资并预扣员工应缴的个人所得税时，会进行以下会计分录：
借款：应付工资
贷款：应交税款-应交个人所得税当
实际申报并缴纳个人所得税时，将进行会计分录：
借：应纳税额-应交个人所得税
贷款：银行存款或现金
两者之间的差异主要体现在应付工资总额的差异上，也就是说，在相同工资待遇下，当单位为个人纳税时，需要累计更多应付工资。