《公司法》规定，公司可以设立分公司，分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有企业法人资格，依法独立承担民事责任。子公司与分公司的区别具体为：
（1）子公司是独立的法人，拥有自己独立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己独立承担。分公司则不具备企业法人资格，没有独立的名称，其名称应冠以隶属公司的名称，由隶属公司依法设立，只是公司的一个分支机构。
（2）母公司对子公司的控制必须符合一定的法律条件。母公司对子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用间接控制方式，即通过任免子公司董事会成员和投资决策来影响子公司的生产经营决策。而分公司则不同，其人事、业务、财产受隶属公司直接控制，在隶属公司的经营范围内从事经营活动。
（3）承担债务的责任方式不同。母公司作为子公司的最大股东，仅以其对子公司的出资额为限对子公司在经营活动中的债务承担责任；子公司作为独立的法人，以子公司自身的全部财产为限对其经营负债承担责任。分公司由于没有自己独立的财产，与隶属公司在经济上统一核算，因此其经营活动中的负债由隶属公司负责清偿，即由隶属公司以其全部资产为限对分公司在经营中的债务承担责任。
（四）税收角度的衡量
子公司与分公司是现代大公司企业经营组织的重要形式。一家公司为什么安排它的某些附属单位作为子公司，而另一些附属单位又作为分公司？这恐怕最主要要从税收筹划的角度来分析，因为在市场竞争日趋激烈的条件下，一切合法的有利于提高企业经济效益的措施均是企业考虑的重点，而选择有利于纳税优惠的组织形式，正是达到这一目标的重要途径之一。
代表处和代理人不太清楚，但我个人认为在纳税方面和分公司差不多，或者根本就是直接由总部负责纳税事务。现分析分公司和子公司在纳税方面的筹划问题。关于这个问题要看具体情况，由于分公司不具有法人资格，可以不独立核算，而由总公司汇总缴纳所得税，但子公司是具有独立法人地位的机构，必须独立核算并独立缴纳所得税。
在设置分支机构时有三个因素应当综合考虑：
首先是分支机构的盈亏情况，当总公司盈利，新设置的分支机构可能出现亏损时，应当选择总分公司模式。根据税法规定，分公司是非独立纳税人，其亏损可以由总公司的利润弥补；如果设立子公司，子公司是独立纳税人，其亏损只能由以后年度实现的利润弥补，且母公司不能弥补子公司的亏损，也不得冲减对子公司投资的投资成本。
当总机构亏损，新设置的分支机构可能盈利时，应当选择母子公司模式；子公司不需要承担母公司的亏损，可以自我积累资金求得发展，母公司可以把其效益好的资产转移给子公司，把不良资产处理掉。
其次是享受税收优惠的情况，按照税法规定，当总机构享受税收优惠而分支机构不享受优惠时，可以选择总分公司模式，使分支机构也享受税收优惠待遇。如果分公司所在地有税收优惠政策，则当分公司开始盈利后，可以变更注册分公司为子公司，享受当地的税收优惠政策，这样会收到较好的纳税效果。
再次是分支机构的利润分配形式及风险责任问题，分支机构由于不具有独立法人资格，所以不利于进行独立的利润分配。同时，分支机构如果有风险及相关法律责任，可能会牵连到总公司，而子公司则没有这种担忧。
实践中，当企业设立分支机构时，由于设立初期分支机构面临高昂的成本支出，所以亏损的概率较高，通常采用分公司的形式较为合适，可以享受和总部收益盈亏互抵的好处。经过两三年的经营期间，分公司开始转亏为盈时，再把分公司变更注册为子公司，这样可以降低分支机构对总机构的法律影响。
现在的政策是，只有全部或者部分资产，并且与之相关的权利义务人员等一同转让，才会免征营业税增值税，转出资产的计税基础可以续入转入企业。
避税是指纳税人利用税法上的漏洞或税法允许的办法，作适当的财务安排或税收策划，在不违反税法规定的前提下，达到减轻或解除税负的目的。
其后果是造成国家收入的直接损失，扩大了利用外资的代价，破坏了公平、合理的税收原则，使得一国以至于国家社会的收入和分配发生扭曲。
总公司与分公司不在同一个地方税务上是比较难处理的。（但我怀疑你的表述的问题，应该是子公司？）
1、增值税是代扣的，不是你们单位交，可以抵扣的。
2、重复缴税的部分是营业税、城建税及教育费附加、企业所得税或投资人所得税
3、合理避税的话可以用总公司的名义开给客户发票，重复的部分不用再缴税，分公司的支出可以在总公司税前开支，冲减利润，这样可以避税。
算投资不用纳税。
1.分公司是在当地按照总公司分配表预缴，然后跟总公司一起进行汇算清缴的，子公司纯属单独交税，也就是跟总公司无关。
2.其实这个是否避税，得看具体的情况，并不一定就是盈利后转变为子公司就可以达到避税效果，这个并不是绝对的
3.可以看一下税务总局发的跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法，个人认为有些事还是自己学习的好，对自己的帮助更大
个人意见，仅供参考