电子商务对税收构成的挑战包括：
（1）对传统税收登记制度的挑战
根据中国现行的《税收征收与管理法》，从事生产经营的纳税人必须在法定期限内进行税务登记。税务登记是税务机关管理纳税人和掌握税源状况的基本手段。对于税务机关和纳税人而言，它既是税收关系的基础，也是法律关系建立的基础和证明。自电子商务诞生以来，它就挑战了传统的税务注册方法。因为只要技术上实现Internet协议，任何区域性计算机网络都可以连接到Internet；任何企业都可以以一定的注册费用获得自己的专用域名，并且可以独立地在Internet上从事商业活动；计算机，“猫”和电话线可以通过Internet参与在线交易。当前的税务注册基于工商注册，只有注册后您才能从事贸易活动。这种传统的税务注册方法无法确认电子贸易流的交易主体，因为Internet上的业务交易范围是无限的，并且不需要事先获得工商部门的批准即可进行交易。这使纳税人难以确认，从而导致税收损失。
（2）难以确定业务交易的地点和常设机构的地点
因为电子商务具有全球化，流动性和隐蔽性的特征，所以使交易变得更加复杂。除了在客户所在国家/地区拥有，租用或使用服务器外，外国网络提供商和供应商也不必在客户所在国家/地区维护其他形式的“实际存在”。如果外国网络提供商和卖方仅通过客户所在国家/地区的服务器进行业务活动，则当前的常设机构概念不能构成常设机构。而且，在许多情况下，外国卖方根本不需要拥有网站和服务器。它只需要与网络提供商达成协议，即可使用或租用服务提供商的服务器来进行自己的销售活动。由于这种交易不作为有形实体存在，因此税务机关无法根据现行税法确定交易地点，并失去计税依据，因此税务机关无法自然地进行税收征管。
（3）电子商务票据和帐户无形性给传统税收征管带来的挑战
传统的税收收集和管理模型基于各种票证和书籍，并且电子商务实现了无纸化操作，并且各种销售基础都以电子形式存在。税收征收和管理损失最大直接物理对象。同时，电子商务的牢度，直接性，隐蔽性和保密性，不仅使税收的税收来源控制失灵，而且客观地导致了纳税人不遵守税法的可能性。另外，电子商务采用高科技的交易方式，交易结果相对隐蔽。如果交易实体是无形的，则“电子货币”交易将连接到匿名支付系统。对于税务部门而言，确定纳税人的身份和交易明细更为困难。。
（4）电子商务的发展使国际避税变得更加容易
根据传统税制的规定，国际避税是指纳税人减少或逃避其跨境纳税人应以不合法的方式承担的税收义务的行为。纳税人通常使用以下国际避税方法：第一，通过纳税人的跨国流动进行国际避税；第二，通过税收对象（对象）的跨国转移进行国际避税；第三，跨国投资打算削弱国际投资的份额避税；第四，跨国纳税人滥用税收协定进行国际避税。由于所有国家都有权对在其领土内发生的运输或付款征税，因此大多数纳税人选择在避税天堂建立虚拟公司并通过它们进行贸易，或者使用税收优惠政策将它们用作交货地点以避税避风港。结果，许多公司在实际运营中几乎没有盈亏，而避税天堂的利润仍然很高。
传统税制采用成本加成法和比较利润法来调整关联公司的内部转让定价。电子商务的发展使纳税人更容易更改交易价格或隐藏真实交易。因此，税务机关很难调整价格，从而造成大量税收损失。
（5）电子商务的发展对税收管辖权的挑战
在避税天堂和公司中建立基地将变得轻而易举。任何公司都可以在避税天堂中使用其网站进行业务谈判和与外国公司进行贸易。依照税法规定建立营业地点，并且只能将该国家/地区视为库存仓库。随着银行的网络和日趋完善的电子支付系统。一些公司已经开始使用电子货币在免税的“在线银行”中开设基金帐户来开展海外投资业务，并且在税收管辖权的“选择”方面变得更加灵活。加密技术的发展极大地加剧了税务机关掌握纳税人身份和交易信息的难度。很难确保纳税人或交易号不符合税法。这表明避税与反避税之间的斗争将变得越来越激烈。
（5）电子商务增加了税务审计的难度
1要使税务机关进行有效的收款和管理审核，他们必须拥有大量有关纳税人应纳税事实的信息和准确的证据。因此，各国的税法普遍规定，纳税人必须忠实地保留帐户，并保留账簿，会计凭证和其他与税收相关的材料长达数年。供税务机关检查。这奠定了跟踪和审计帐户的法律基础，作为税收收集和管理的基础。但是，在Internet的独特环境中，由于各种账单都以电子形式存在，并且电子凭单可以轻松地修改而不会留下任何痕迹，因此传统的凭单跟踪审核失去了基础。2电子商务的发展刺激了电子支付系统的改进。网上银行和数字现金的出现将跨境交易的成本降低到了可与国内成本相当的水平。一些银行已经在线开设了网上银行。目前，国内银行一直是税务机关的重要信息来源。如果信息来源是一家海外银行，那么税务机关将很难监控付款人的交易，从而对逃税者造成重要的威慑作用。数字现金可随时用于通过网络进行转移和结算，从而避免了存储和运输大量现金的麻烦。另外，数字现金用户可以使用匿名方法，这很难跟踪。比现金货币更难控制和收钱。快速，交易量更大。
3随着计算机加密技术的发展，纳税人可以使用加密，授权和其他保护方法来隐藏交易信息。税务机关必须严格执行纳税人的知识产权和隐私权的法律保护，广泛收集纳税人的交易资料并做好税收管理工作变得越来越困难。
2.应基于互联网建立一种新的税收收集和管理模型以防止反税收
这种模式主要是为了建立一个专门机构，以快速应对电子商务中的避税问题，并负责提出措施来建立常规或计划外的跨地区税务机构或跨境税务机构联系系统，以应对跨地区或跨边界的偷税漏税情况。特别是，必须密切注意跨国集团内部实施的转让定价方法的更新，及时采取措施弥补漏洞，并由结算机构代扣代缴税款。具体的实现应从以下几个方面开始：
（1）完善《税收征管法》，为电子商务税收征管提供法律依据
1建立特殊的电子商务税收注册系统。从事电子商务交易的纳税人必须前往主管税务机关进行特殊电子商务注册，填写相关的电子商务税收登记表，并提交相关的网络信息，例如公司网站地址，电子邮件地址和计算机加密根据税务机关的要求进行关键备份。
2严格实施财务软件备案系统。对于发展电子商务的企业，税务机关必须实施严格的财务软件备案系统。财务软件备案系统的实施要求企业使用财务软件向主管部门提供财务软件的名称，版本号和密码等信息，这些信息只能在经税务机关批准后才能使用。
3为电子商务交易启用特殊发票。所谓电子发票是指纸质发票的电子图像。这是一系列电子记录。通过电子商务完成每笔交易之后。必须开具专用发票，并且必须以电子邮件的形式将已发行的专用发票发送给银行，然后才能结算电子帐户的付款。同时，纳税人在银行中建立的电子帐户必须在税务机关注册，并应使用真实居民身份证来促进税收的收集和管理。
4采用电子税收申报。纳税人上网访问税务机关的网站。用户登录后，填写申报表并进行电子签名，申报数据将发送到税务局的数据交换中心。税务局的数据交换中心进行核查。并将验收结果退还给纳税人。如果验收成功，则数据信息将被传输到银行数据交换系统和国库，然后由银行进行分配。并将银行收据发送给纳税人以完成电子申报。
5确立电子书和电子账单的法律地位。新的《合同法》于1999年10月1日生效，确立了电子合同的法律地位。同样清楚的是，通过电子邮件和电子数据交换形成的数据消息具有法律效力。因此，应尽早澄清《税收征管法》和《会计法》等法律文件，以建立具有法律效力的，“残留痕迹”的全球统一交易轨迹。
6阐明双方的权利，义务和法律责任。在获得授权并执行必要的手续后，税务机关有权查阅和复制纳税人的电子数据和信息，并且纳税人不得基于商业秘密和其他原因而拒绝。同时。税务机关有义务对纳税人保密，否则应承担相应的法律责任。
（2）训练精通电子商务的税务专业人员
电子商务的税收收集和管理需要大量精通电子商务业务运营并具有扎实的税收专业知识的复合型人才。如果税务人员不能自己掌握现代信息技术，也不能理解其运作机制，那么将无法进行电子商务的税收征管。即使当局制定了非常完善的税收征收和管理条款，也算不了什么。可以说，电子商务税收征管的最大困难仍然是技术问题。因此，只能增加对科技的投入。只有通过改进收集管理手段，培养高素质复合型人才，才能充分利用现代收集管理手段。真正提高了电子商务的税收征管水平。
（3）税务机关参与制定与电子商务有关的法律
电子商务的深远影响已渗透到社会和经济生活的各个方面。在制定与电子商务有关的法律时。税务部门的参与是必要的。电子商务的法律问题涉及广泛。作为税务部门，它应主要关注电子合同的有效性，电子货币的使用管理，电子数据证据的合法性，电子商务交易的监管，知识产权保护等法律。发展。同时。加强与政府有关部门的交流与合作，共同促进电子商务的发展。
简而言之。实施这种新的收集和管理模式的关键在于，税务机关必须建立一定程度的信息连接并与银行，海关和其他部门共享。银行，税收和海关的融合以及建立社会化和标准化的税收保护体系是未来税收收集和管理的唯一途径。只有通过法律的不断完善和税务人员的专业素质的不断提高，我们才能对所有违法和与税收有关的情况（例如逃税）进行及时的在线核查，并避免流失国家税。