通常在年底扣除
《国家税务总局关于印发〈跨区域营业税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，现场预缴是指总公司和分支机构应遵循根据本办法的规定，企业所得税的预缴款应每月或每季度向当地主管税务机关申报。
其中，在每月季度申报企业所得税时，应将实地项目部门缴纳的税款填入SD003的第14行中的特定业务预提税中。
如果在预付款时未填写特定的业务预收款，则在主表的第32行自动带出的预付款税额将不包含在年度纳税结算和付款中，您需要在声明之前与主管税务机关联系以更正报告或将其保留在预付款帐户中。