可以扣除转让费，但不会扣除个人所得税。
根据您的陈述，税务机关的行为应正确。以前，您父亲从事生产经营活动，除缴纳营业税外，还缴纳个人所得税（注意这是生产经营所得）。但是，在中华人民共和国国家行政总局之前，有文件规定，如果年收入在9,600以下，则不会暂时征收个人所得税。
对于将外墙租赁给他人的租金，您需要根据“物业租赁”的收入来缴纳个人所得税，具体计算方法为：应缴个人所得税=
（租金，每月收取的相关税费-实际维修费用（每月最多800元，其中大部分会在接下来的几个月中扣除，直到扣除额扣除为止））*（1-20％） * 20％{}}但是，您半年工资为5000元，每月为833.33元。具体应纳税额为（833.33-800-其他税费-维修费用（如果实际发生））* 20％* 6个月是您要缴纳的个人所得税。
同时，您必须支付房地产税= 5000 * 0.12 = 600元，平均每月100元。如果您已缴纳了600元的房地产税，那么恭喜您不需要缴纳个人所得税，因为833.33-800之后另外100元，你每个月都没有收入。
具体情况应以现行法律法规和当地主管税务机关的解释为准。