从税收分析的角度来看，对于合并方而言，主要是一种支付行为，因此通常不涉及税收问题（通常将非货币资产支付视为销售）；企业的资产被合并和转让，企业的股东获得收益。因此，合并后的企业参与资产转让的税收。财税〔2009〕59号第4条第（4）款规定，对于公司改制，除遵守本通知的特殊税收待遇规定外，应按照下列规定进行税收处理：（1 ）合并企业以公允价值为基础确定接受合并企业资产和负债的税基。（2）合并后的企业及其股东应按照清算处理所得税处理。（3）合并企业的损失不得在合并企业中结转。以上待遇为一般税收待遇。
示例：企业A与企业B合并。合并后的企业B的净资产为5000万元，估计公允价值为6000万元。合并后企业B股东获得股本4000万元，其他非股本股东支付2000万元。本次合并中，企业A接受企业B的公允价值为6000万元的净资产作为计税基础。企业B的资产评估增值1000万元，应按规定缴纳企业所得税，税后按清算分配方式处理。
财税[2009] 59号第5条规定，企业改组同时满足以下条件的，应适用税收特殊规定：（1）经营目的合理，不得减少，免除或推迟纳税是主要目的。（2）被收购，合并或分割部分的资产或权益比例符合本通知规定的比例。（三）重组后的资产，其原有的实质性经营活动在企业重组后的连续十二个月内不变。（4）重组交易对价中涉及的股权支付金额符合本通知规定的比例。（5）在企业重组中获得股权支付的原主要股东，在重组后连续十二个月内不得转让所取得的股权。该文件还规定，对于符合通知第5条规定条件的企业合并，公司股东在企业合并时获得的股权支付金额不少于交易支付总额的85％，并且在同一控制下，无需支付对价在企业合并中，您可以选择不确认交易中股权支付的相关资产的转移收益或损失。
示例：企业A与企业B合并。合并后的企业B的净资产为5000万元，估计公允价值为6000万元。如果企业B的股东在合并后获得5500万元的股权，而其他500万元的非股权支付，则股权支付在交易总支付中所占的比例为92％（5500÷6000×100％），超过85％，双方均可选择特殊性税待遇，即该资产的千万元增值部分不缴纳企业所得税。同时，甲方与乙方之间的股权互换未确认转让收益或损失。
在特殊税收待遇中，非股权支付需缴税
6.充分利用现金流的分散性。通过合并和收购，在未来期间，一家公司的利润将由于另一家公司的亏损而被抵消或减少，这将因现金流量减少的可变性而节省税款。迈耶和迈尔斯指出，这是税收不对称的结果，政府使用税收不对称来分享营业收入，而不分享业务损失。
7.杠杆收购。具体方法是并购方确定净资产重置价值高于市场价值的目标企业，然后在投资银行的帮助下通过发行垃圾债券迅速筹集资金，然后实施合并并收购目标公司。并购成功后，使用目标公司资产的营业收入或通过重新包装出售目标公司，并使用收益赎回垃圾债券。这是1980年代世界并购浪潮中的另一项金融创新。由于在此过程中使用了大量债务，因此可以为支付利息获得大量税收减免。