总公司与分公司不在同一个地方税务上是比较难处理的。（但我怀疑你的表述的问题，应该是子公司？）
从法律上是不合法的，税源地问题，是否具有可操作性取决于你的客户在上海是否接收你外地的发票，分公司开票，货款是要打入分公司的，另外一个你说的内陆享受招商引政策，一般都针对生产制造企业，你是贸易企业，原则上没有什么优惠政策吧，再就是你是小规模还是一般纳税人，一般说来你应该是一般纳税人，一般纳税人上可以做些筹划
建议你用"管理费用"的形式上交,可以合理避税.
个人认为在不同的地方建分公司不一定可以避税，想要合理避税的话有几个情况需要了解一下
1、公司在增值税、企业所得税、个税哪方面的税比较高；
2、不同的地区关于税收的政策不一样；
3、最好选择相对应的税收洼地来实现避税
一切都需要从企业的实际情况出发，最好可以咨询专业的税务筹划人士，会更有利。
1—合理加大成本，降低所得税，可以予提的费用应该进行予提。 2—对设备采取快速折旧法来，来降低当期所得。
3—采用“分灶吃饭”的方法，把业务分散，原来一个公司名下做的业务分成2-3个 公司做，这样既可以增加成本摊消，又可以降低企业所得：比如你现在公司做一 年30万利，需要交9万9的所得税，如果分成3个公司做，一年利每个公司就是9万 9的利，那么所得税3个公司一共是8万1，而其实因为成本渠道的增加，3个公司 年利也不会做到30万了，很多成本已经重复摊消和予提了，其节约下来的税就不 仅仅是近2万的税了。 4—采用“高税区往低税区”走的方式：各个特区和开发区在税率方面国家都有优惠
各地方特别是出省的，税收环境有非常大的区别，有的管理相对松懈，有的甚至地方征收部分（如基金等）会超过国家税收，（如苏州，税务局通知单位少交，或者迟交，真实情况）所以分公司，还是独立注册，需要你实地考察。关于避税，我个人认为个人合伙，最有效果，比如个人所得税，有限公司33%%（现为25%%）100万就是33万，但是如果合伙，同样利润100万分十个人，就没这么高的税率（级差税率表）你可以看看