关于总公司向分公司收取的管理费，国家税务总局明确规定，交易双方必须按照独立交易的原则进行交易，交易双方必须签订相关的服务协议。 指定协议中的服务项目以及如何收取费用。 在这种情况下，总公司将作为营业收入，而分支机构将作为营业费用。 总公司将向分公司开具发票。 会计分录为：
总公司：借款：应收帐款分支机构：借款：营业费用
贷款：其他业务收入贷款：应付账款
根据《中华人民共和国发票管理办法》第20条的“答复”：“销售商品，提供服务以及从事其他商业活动的单位和个人应从外部商业活动中获得付款。在特殊情况下，付款方将发票发送给收款人。“也就是说，开票的前提是商品销售，提供劳务等已获得生产和营业收入，并且是对外业务。总公司不是外部的，因此不需要开具发票，只需签署协议即可。
签订协议，对协议进行核算，以分公司为费用，以总公司为收入，由总公司提供管理服务所产生的总公司合理的管理费将通过自动汇总解决。总公司不会缴纳企业所得税。
《企业所得税法实施条例》第四十九条规定，企业之间支付的管理费，企业内事业单位之间支付的租金和特许权使用费，非银行企业内事业单位之间支付的利息，不可抵扣。
根据国家税务总局关于根据《中华人民共和国企业法》有关规定办理母子公司提供服务的企业所得税处理的通知（国税发〔2008〕86号）。就中国而言，《所得税法》及其实施条例就以下问题通知了属于不同独立法人的母子公司之间的服务付款企业所得税处理：
一，母公司为其子公司（以下简称子公司）提供各种服务所发生的支出，应按照独立企业之间公平交易的原则确定，并应作为企业的正常劳动支出征税。
如果母公司不按照独立企业之间的业务往来收取价格，税务机关有权对其进行调整。
2.母公司为其子公司提供各种服务。双方应签署服务合同或协议，明确规定所提供服务的内容，费用和金额。母公司应提供根据上述合同或协议产生的服务费。税收报告为营业收入；子公司作为税前费用扣除。
3.母公司为其多个子公司提供类似的服务，并且其收取的服务费可以通过分包合同或协议收取；也可以采取服务共享协议的形式，即母公司与子公司签订服务费分担合同或协议，承担母公司为子公司提供服务的实际费用，并增加一定比例。利润作为对子公司收取的服务费总额，使受益的服务子公司（包括盈利企业，亏损企业和享受减免税的企业）受益，应按照《企业所得税法》第四十一条第二款的规定分摊中华人民共和国税法。
4.母公司以管理费的形式从其子公司提取费用。因此，子公司支付给母公司的管理费，不得在税前扣除。
5.子公司在申请减免税前应扣除已付给母公司的服务费，并应向有关税务机关提供与母公司签订的服务合同或协议以及其他与减免费用有关的材料。无法提供有关材料的，不得扣除已缴纳的服务费。