公司税收风险主要包括两个方面：
1.企业的纳税行为不符合税法，法规的规定，应纳税但未缴或未缴少，因此面临补税，罚款，逾期缴纳罚款，处罚和声誉损害；
2.适用于企业运营的税法不正确，相关的优惠政策未得到充分利用。缴纳了更多税款，并承担了不必要的税收负担。
1.公司投资购买了房屋和汽车，但权利所有人被写为股东而不是支付资金的单位；
2.股东应收帐款或其他应收款在账簿上列出；
3.在成本方面，公司的费用和股东的个人消费无法清楚地区分；
根据《个人所得税法》和国家税务总局的有关规定，以上事项被视为已从公司获得股息的股东，必须代扣代缴个人所得税。带来额外的税收负担。
4.外商投资企业仍按工资总额的一定比例计提应付福利，并于年末保留余额；
5.如果尚未成立工会组织，则仍应按工资总额的一定百分比计提工会经费，并且不得获得工会组织签发的特别文件；
6.固定资产的折旧未按照“税收标准”中规定的标准进行计提，并且在申报公司所得税时不进行任何税收调整。一些公司在整个纳税年度都有附加折旧（根据相关税法和法规）费用不得随时间支付）；
7.在计算成品成本和生产成本时，生产企业没有在会计凭证后附加物料和人工消耗清单，也没有计算依据；
8.在计算产品（商品）的销售成本时，未附加销售成本计算表；
9.在以现金支付员工工资时，没有员工签署的工资单，并且该工资单无法有效地与雇佣合同和社会保险清单相关联；
10.开办费用完全计入获得收入的当年的当期成本费用中，并且不进行任何税收调整；
11.没有遵循应计原则，没有依据应计的定期费用；或在年末扣留不合理的费用；
12.商业保险已包括在当期费用中，无需进行税收调整；
13.生产企业的原材料被临时估计要包含在仓库中，相关进项税也将被临时估计。如果该批物料在当年消耗，将影响当年的销售成本；
14.向员工报销固定数量的发票，或向发票报销逾期票，连续票或税法限制（例如餐票等）。这些费用不能在税前支付；
15.应付账款已过账多年。超过三年的，应当计入当期应纳税所得额，但企业未作税收调整；
以上第4至15项均与未根据“企业所得税条例”和国家税务总局的相关规定征收的企业所得税有关，这将带来补充税和罚款的风险。以及税务审核期间的滞纳金。
16.增值税的计算不规范，未按照指定的产品项目和列来进行会计核算，从而导致增值税核算混乱，并在核实应纳税额时造成麻烦在税务检查中；
17.使用“已发行商品”帐户来核算已发出的库存，从而导致增值税支付时间混乱。根据增值税规定，签发商品（产品）后，有责任纳税（无论是否签发发票）;
18.原材料消耗异常，原材料所承担的进项税尚未转出；
19.未计入销售废料并支付增值税；
20.原材料和制成品的外部捐赠尚未分为两个业务：按公允价值销售和捐赠。
以上16-20项均与企业增值税有关。根据《增值税暂行条例》和国家税务总局的有关规定，进项税的转移和增值税的其他核算，不计提该税款。审计将带来税收补偿，罚款和滞纳金的风险。
21.公司组织员工差旅，直接用作公司费用，不包括在总薪金中，应缴纳个人所得税。