根据国家税务总局关于提供补充养老保险的企业征收个人所得税有关问题的批复（国税函〔1999〕615号），领取企业年金的职工缴纳个人所得税，企业职工在特殊情况下获得特殊年金，在发放当月，应将其完全计入个人薪金税中；退休人员应单独缴纳一个月的工资收入。在国家没有新规定之前，上述规定仍应执行。
国家税务总局于12月10日发布了通知，以澄清有关企业年金和税收的征收和管理的相关规定，并将从现在开始实施。当期计税时，企业年金的个人缴费额不予扣除；如果企业按季度或按年支付，则应扣除一个月的工资。
国家税务总局已标准化并澄清了在各个地区实施个人所得税的征收与企业年金管理不一致的现状。国家税务总局有关负责人表示，企业年金中的个人缴费部分，不得在个人当月工资和薪金所得税额之前扣除；工资是在不扣除任何费用的情况下计算的。其中，个人征税环节为企业缴费，企业作为代扣代缴企业应当依法代扣代缴税款。