可以扣除。一般纳税人企业生产经营所支付的运费，可以根据发票上注明的增值税额抵扣进项税额。
你好！
我还没有退税的消息：
营改后，每种应税服务范围都不同，增值税专用发票的税率也不同。
1.运输业：占11％（包括陆路运输服务，水上运输服务，航空运输服务-湿租赁业务，管道运输服务）
2.一些现代服务业：占6％（包括研发和技术服务，信息技术服务，文化创意服务，物流辅助服务，有形动产租赁服务，验证咨询服务）
运输费用的增值税率为11％。（增值税年销售额在500万元以下的小型纳税人，按3％的税率征收。）《财政部国家税务总局关于全面推进营业税改革试点的通知》征收增值税”（财政税[2016〔第36号〕：附件1：《营业税改增值税试点实施办法》：第十五条增值税税率：
（1）除本条第（2），（3）和（4）款的规定外，纳税人的税率为6％。
（2）以11％的税率提供运输，邮政服务，基本电信，建筑，房地产租赁服务，出售房地产和转让土地使用权。
（3）提供有形动产租赁服务，税率为17％。
（4）国内单位和个人实施的跨境应税行为的税率为零。具体范围由财政部和国家税务总局另行规定。
扩展数据
（1）销售或进口商品的纳税人的税率为13％，以下第二和第三项除外。
（2）纳税人以10％的税率出售或进口以下商品：谷物，食用植物油，自来水，暖气，冷却，热水，煤气，石油液化气，天然气，沼气，家用煤炭产品，书籍，报纸，杂志，饲料，肥料，农药，农机，农膜，农产品和国务院规定的其他商品。
（3）纳税人以零税率出口货物；但是，除非国务院另有规定。
（4）纳税人提供加工，维修和修理服务的税率为13％。纳税人同时经营不同税率的商品或应税服务。