整个加油站均出租给一家公司进行经营（不转移产权）
根据法规不允许！
通常加油站给出的发票是小票，不含税，可以向加油卡开具增值税专用发票，可以抵扣进项税额的17％，
分支机构不是子公司，因此不属于总部的投资收入。
整个分支机构出租后，租金可以直接计入总公司的其他业务收入中。
租金本身要缴纳流转税，最终需要合并以计算和缴纳企业所得税
1.企业有义务代扣代缴个人所得税。从2012年9月1日起，薪金扣除额为3500元，并实行七级超额累计税率。
2.根据《个人所得税自我报告办法（试行）》（以下简称《办法》），年收入12万元的纳税人应当向《办法》申报。所在地的税务机关（以下称主管税务机关）负责办理纳税申报。
3.年度所得税自我纳税申报应按照以下方式和程序处理：
有两种主要的申报方法：直接向税务机关申报；并通过邮件声明。
人直接向税务机关申报
纳税人直接向主管税务机关报告，并根据以下三种不同情况来区分申报流程：
4.没有纳税申报，税收补偿，退税，退税
申报流程适用于在纳税年度内已全额缴纳个人所得税的纳税人。当在年底之后提交纳税申报表时，纳税人仅需进行申报过程，而无需进行额外的税收收集，税收补充，退税，信贷税收和其他事项。
第一步
纳税人前往主管税务机关的税收服务办公室，收到“个人所得税申报表（适用于年收入超过12万元的纳税人）”的论文。
第二步是让纳税人按照填写表格的要求一式两份地填写声明。
第三步纳税人将直接向主管税务机关的税务服务办公室提交申报表和身份证复印件。
第四步是让纳税人保留一份申报表，以备将来参考。