你这个应该要把合同变更成，总包分包合同，400万的问甲方要，需要总包方开具400的票，你问总包方要钱，需要开具390万的票。你们合同签订好后，应先问问税务局抵扣的事情，正常是你们先开具390万的票，然后给总包方，由总包方拿你们390万的票，去开400万的票，进行抵扣。
你们的合同要签订成总包-分包合同，应该是这样，不对的请原谅。
分包人如果是一般纳税人,则分包人向总包开具建筑业增值专用发票,总包可以抵扣进项税;
如果分包人是小规模纳税人,则分包人向总包只能开具建筑业增值普通发票,总包不可以抵扣进项税.
如果分包人是个人,只能到当地税务部门代开增值税专用发票,总包只能抵扣3%%;
如果分包人是被挂靠的一般纳税人, 则总包应向被挂靠方支付工程结算款并向挂靠方索取建筑业增值专用发票.
总包和分包的税务问题
根据《中华人民共和国营业税暂行条例》纳税人将建筑工程分包给其他单位的,以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额; 根据《 国家税务总局关于劳务承包行为征收营业税问题的批复》国税函〔2006〕493号 规定 建筑安装企业将其承包的某一工程项目的纯劳务部分分包给若干个施工企业,按照现行营业税的有关规定,施工企业提供的施工劳务属于提供建筑业应税劳务,因此,对其取得的收入应按照"建筑业"税目征收营业税.
根据税法规定:一般总包方是可以抵扣分包金额已缴的营业税的,即总包方按分包后的合同余额缴纳营业税.总包方会向客户开一张总包票,分包方向总包方开具分包发票,凭着总包发票和分包发票,总包方按总包金额缴纳(和代缴)营业税,税额按(总包-分包)、分包金额在总包方和分包方之间进行分配.所有这些都是在同一税务局代开发票进行的.
通常所说的总包一般适用于工程规模大、技术难度高的工程项目,也就是建设单位将一项工程全部发包给一个承包人完成,承包人按照合同规定的设计文件包工包料,保证质量,安全按期完工交付使用.而分包一般适用于工程的总承包人参与施工并自行完成建设项目的一部分,一个招标项目可以整体作为一个包,也可把一个整体招标项目,分拆多个包(或称多个标),既可单个招标,也可同时招标.投标人只允许投一个包(即一个标),或者可同时投多个包(即多个标).
（三）纳税人将建筑工程分包给其他单位的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位的分包款后的余额为营业额；
建筑企业总包单位为分包单位代扣代缴税费，账务处理如下：
1、开具XX工程发票
借：银行存款或应收账款
贷：主营业务收入
2、计提XX工程税金
借：主营业务税金及附加
贷：应交税金—应交营业税
贷：应交税金—应交城市建设税
贷：其他应交款—教育费附加
贷：其他应交款—地方教育费附加
3、计提XX工程印花税
借：管理费用—印花税
贷：应交税金—应缴印花税
4、分包单位交来工程材料、机械发票
借：工程施工—XX工程—直接材料
借：工程施工—XX工程—直接人工
借：工程施工—XX工程—机械使用费
借：工程施工—XX工程—其他直接费
借：工程施工—XX工程—间接费
贷：银行存款 （或现金 或应付账款—XXX）
5、月末（小规模）或季末（一般纳税人）计提所得税
借：所得税
贷：应交税金—应交所得税
结转所得税
借：本年利润
贷：所得税
你们收到工程款，按全额纳工营业税。
借 银行存款
贷 主营业务收入
你们支付的劳务费，劳务公司应该给你们全额开票，（注意，是全额，不是扣除工人工资的差额，而是全额。）。
借 工程施工
贷 银行存款
如果劳务公司开的是建安票，说明是劳务分包，你们可以从工程款中扣除这个分包金额后再纳营业税（如果已经纳了营业税，就可申请退税或抵顶未来营业税）
如果劳务公司开的是服务业票，说明只是劳务派遣，你们还是按工程款全额纳税。
至于劳务公司扣下管理费后给你们的钱，那是工人的工资，你们只是代发，不是你们的收入，你不再开票给劳务公司，也不进行账务处理，要处理也只是往来，然后，直接发给工人。如果没有发够，余款也要退给劳务公司。严格说，工资应该由劳务公司去发。
你的问题，没太说清楚；
如果你是说，你的劳务公司在承揽工程项目后，准备将你所承揽的工程项目，再找乙方进行分包，而且还想巧妙合理的避税，最好的办法是：
你所分包的项目，你直接将自己的队伍中的所有的工人，以直接发包给你的甲方内部工人的名义，以及，把你分包给别的施工队的所有的工人，以自己的工人的名义，对他们进行直接发放工资，工资结算针对每一个人，按计时、计件或定额承包的形式，给他们签发工票，这样，即避免了去开具劳务发票，也可以巧妙避免工资所得税；
印花税的问题，你只要以具备正规营业执照的形式，进行公开投标并签订分包合同的，进行正常经营的，就得按要求缴纳印花税费及其它相关税费；如果要避税，就得象上面所说的，以甲方的工人的形式，进行经营，可以避税。
祝你避税顺利。
这个是不可以的.你们没有完税凭证是做不了账的.
因为对方是代扣代缴义务人.你们应该要求他们上税务机关去出一个代扣代缴已经完税的证明给你们入账.\
如果你们的公司也可以把他们代扣代缴的税票复印下来.上税务局盖一个盖.拿回来做账.